Σε όλες τις μονάδες ελέγχου μπορούν να παρουσιαστούν εσωτερικά σφάλματα μονάδας ελέγχου, για τα οποία κατά κανόνα δεν υπάρχουν τρόποι διόρθωσης στα συνεργεία. Σε αυτές τις περιπτώσεις θα πρέπει να γίνει έλεγχος στο λογισμικό (Software) της μονάδας ελέγχου ή στο εσωτερικό υλισμικό (Hardware) (αποτελούμενο από τον μικροπεξεργαστή, την μνήμη, τα εξαρτήματα I/O, τους εσωτερικούς αισθητήρες, κλπ).
Ένας τέτοιος έλεγχος πραγματοποιείται κατά τον αυτοέλεγχο.
Εκτός αυτού ελέγχονται και άλλα συστατικά στοιχεία. Οι καταχωρήσεις σφάλματος που προκύπτουν μπορεί να είναι και σφάλματα πο έχουν προέλθει από άλλες βλάβες. Έτσι στο πρόγραμμα ελέγχου για τον Αυτοέλεγχο Μονάδας Ελέγχου αποφασίζεται μέσω αξιολόγησης περαιτέρω πληροφοριών, αν πρόκειται για ένα πραγματικό σφάλμα μονάδας ελέγχου.